Kościół Ewangelicko-Augsburski jest owocem Reformacji wittenberskiej. Czołowym jej przedstawicielem jest Marcin Luter. Historyczne wydarzenia z dziejów Reformacji to: publikacja tez Lutra (31.10.1517), spalenie bulli papieskiej (1520), sejm w Wormacji (1521), wydanie katechizmu Lutra (1529), sejm w Augsburgu i Konfesja Augsburska (1530), pokój w Augsburgu (1555).

    Reformacja wittenberska szybko dotarła do Polski. Już w 1518 r. były tu znane tezy Lutra. Wkrótce powstały pierwsze ogniska Reformacji w Poznaniu i w Krakowie. Dowodem tego, że Reformacja czyniła postępy, jest edykt toruński Zygmunta Starego z 1520 r., skierowany przeciwko niej. Również synod rzymskokatolicki w Piotrkowie w roku 1520 wykazał zaniepokojenie jej rozwojem. W Krakowie pionierem Reformacji był Jakub z Iłży, a w Poznaniu Jan Seklucjan. Obydwaj zagrożeni przez dekrety królewskie musieli opuścić ojczyznę. Również Stanisław Rafajłowicz i Abraham Kulwieć, którzy podjęli akcję reformacyjną w Wilnie, byli zmuszeni do wyjazdu za granicę. Jan Seklucjan wydał w Królewcu przekład Konfesji Augsburskiej, katechizmu Lutra i przekład Nowego Testamentu. W latach 1540 i 1541 Radomski, Kwiatkowski i Lutomirski opracowali znów przekłady Konfesji Augsburskiej na język polski. Są to dowody, że luteranizm miał w owym czasie w Polsce poważnych przedstawicieli, którzy pragnęli stworzyć dla niego właściwe podstawy i utorować mu drogę do narodu. W początkach panowania Zygmunta Augusta ukazał się edykt z dnia 12.12.1550 r., który spowodował rozbicie zborów w Małopolsce. Dopiero od 1552 r., gdy szlachta wywalczyła dla siebie dorywczą wolność wyznania, ruch reformacyjny uzyskał możliwość rozwoju. Jednak Reformacja wittenberska straciła już w tym okresie swój rozmach w Europie. Było to po interimie cesarskim w Rzeszy (1548) i po śmierci Lutra. Wprawdzie dnia 3.5.1555 r. przedstawiono sejmowi Konfesję Panów Polskich, opartą na Konfesji Augsburskiej, ale luteranizm nie miał już wtedy siły zdobywczej. W latach pięćdziesiątych XVI w. przedstawiciele Reformacji w Polsce nawiązali kontakt z Genewą, a powrót Jana Łaskiego w 1556 r. utrwalił kalwiński kierunek Reformacji.

    Wybitnymi przedstawicielami luteranizmu w drugiej połowie XVI w. byli bracia Erazm i Mikołaj Glicznerowie oraz Eustachy Trepka. Erazm Gliczner, autor pierwszej polskiej książki pedagogicznej, był uczestnikiem zjazdu w Sandomierzu i jednym z twórców Ugody Sandomierskiej z 1570 r. Protektorką luteranizmu pod koniec XVI w. była królewna Anna Wazówna.

    W XVII stuleciu godnie reprezentował nasz Kościół ks. Samuel Dambrowski, proboszcz w Poznaniu, a potem w Wilnie, autor znanej postylli, którą wielokrotnie wznawiano, a ostatnie wydanie ukazało się w 1912 r.

    W 1632 r. wydali luteranie Biblię Gdańską, która służy Kościołowi po dzień dzisiejszy. Reformacja w Polsce załamała się ostatecznie w drugiej połowie XVII i w XVIII w. Już od połowy XVI w. luteranizm rozwijał się wśród ludu polskiego poza granicami Rzeczypospolitej. Książę piastowski Wacław Adam (1545-1579) wprowadził go na Śląsku Cieszyńskim. W 1568 r. wydał on Porządek Kościelny, który stał się podstawą ustroju Kościoła ewangelickiego w Księstwie Cieszyńskim. Po jego śmierci Katarzyna Sydonia utrwaliła jego dzieło i wznowiła w 1584 r. Porządek Kościelny. Zwrot na niekorzyść Kościoła ewangelickiego nastąpił w okresie postępującej w cesarstwie reakcji katolickiej. Książę cieszyński Adam Wacław (1579-1617) usiłował znów przywrócić katolicyzm. Nastąpiło ograniczenie praw ewangelików. Najsilniejsza fala prześladowań nastąpiła w latach 1653-1781. Wyznawanie wiary ewangelickiej stało się wtedy karalne, ale Reformacja utrzymała się jako ruch podziemny, nabożeństwa odbywały się w lasach, lud w znacznej mierze wytrwał przy swym wyznaniu. Najwybitniejszym przedstawicielem Reformacji, pochodzącym z ludu cieszyńskiego, był w tym okresie ks. Jerzy Trzanowski (1592-1637), pieśniarz, ofiara licznych prześladowań. Na skutek interwencji szwedzkiej uzyskali ewangelicy cieszyńscy ograniczoną wolność. W 1709 r. otrzymali prawo budowy kościoła w Cieszynie. Patent tolerancyjny cesarza Józefa II gwarantował większą swobodę, ostateczne zaś równouprawnienie dał patent z 1861 r. Pod koniec XIX w. szeroką działalność wśród ludu cieszyńskiego rozwinął ks. dr Leopold Otto, a potem ks. Franciszek Michejda. Przed pierwszą wojną światową ks. Karol Kulisz stworzył Zakłady Opiekuńcze w Dzięgielowie.

    Od początku XVI w. rozwijała się Reformacja również na Górnym i Dolnym Śląsku. W 1523 r. wprowadzono luteranizm we Wrocławiu i polskie nabożeństwa ewangelickie odbywały się w rejonie wrocławskim do końca XIX w.

    Ogniskami Reformacji były również księstwa piastowskie - Legnica, Brzeg (drukarnia ewangelicka) oraz Olesno, Żagań i Pszczyna. Śląsk w drugiej połowie XVI w. był krajem prawie czysto ewangelickim. Dopiero w XVII stuleciu nadeszła fala reakcji katolickiej, która trwała do początku XVIII w. Ostatecznie wojna ze Szwecją (Ugoda Altransztacka - 1709) przyniosła korzystne zmiany dla Kościoła ewangelickiego.

    Na Mazurach luteranizm wprowadził książę pruski Albrecht w 1525 r. Na mocy ustawy z 1544 r. wyznanie ewangelickie stało się obowiązującym w Prusach Książęcych. W tym czasie powstał uniwersytet w Królewcu, wybitna zaś rolę przy jego organizacji odegrali Abraham Kulwieć i Stanisław Rafajłowicz. Od XVI do XIX w. w Królewcu drukowano polską literaturę ewangelicka. Wychodząca tam w XVIII w. "Poczta Królewiecka" była jedną z pierwszych gazet polskich.

    Po rozbiorach Polski nadeszła fala germanizacji. W drugiej połowie XIX w. zniesiono konfirmację w języku polskim. W obronie polskości Mazur działał ks. Krzysztof Mrongowiusz - pastor w Gdańsku (1764-1855). Wydał on podręczniki dla młodzieży w języku polskim, słownik polsko-niemiecki, kalendarz i kancjonał polski. Drugim działaczem był ks. Gustaw Gizewiusz (1818-1848) - pastor w Ostródzie.

    W drugiej połowie XIX w. najwybitniejszym przedstawicielem polskiego ewangelicyzmu był ks. dr Leopold Otto, pastor warszawski i cieszyński, patriota zaangażowany w powstaniu styczniowym. Pragnieniem jego było powiązanie w jedną społeczność podzielonego granicami polskiego ludu ewangelickiego. Jako pionier polskiej prasy ewangelickiej, założyciel "Zwiastuna Ewangelicznego" (1862) usiłował przy pomocy tego organu osiągnąć swój cel. W odrodzonej Polsce pierwszym biskupem Kościoła ewangelickiego był ks. dr Juliusz Bursche. Dzięki jego staraniom powstał Wydział Teologii Ewangelickiej Uniwersytetu Warszawskiego. Miało to ogromne znaczenie, gdyż duchowieństwo ewangelickie kształciło się odtąd w atmosferze kultury polskiej. W 1936 r. weszła w życie Ustawa o Stosunku Państwa do Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego.

    W czasie II wojny światowej Kościół Ewangelicko-Augsburski w Polsce poniósł dotkliwe straty. Ofiarą terroru okupacyjnego padł ks. biskup Juliusz Bursche, więzień obozu w Oranienburgu; w obozach i więzieniach zmarło 20% duchowieństwa.

    Po II wojnie światowej na czele Kościoła stanął najprzód ks. dr Jan Szeruda, jako zastępca biskupa. Podjął on dzieło odbudowy Kościoła, który objął odtąd również i Mazury oraz Ziemie Zachodnie. Od 1951 do 1959 r. biskupem Kościoła był ks. dr Karol Kotula. Następnie godność tę piastował ks. dr Andrzej Wantuła, który był również wiceprezydentem Światowej Federacji Luterańskiej. Kolejnymi biskupami Kościoła byli bp Janusz Narzyński (1975-1991), bp Jan Szarek (1991-2001), bp Janusz Jagucki (2001-2010). Obecnie zwierzchnikiem Kościoła jest bp Jerzy Samiec (od 6 stycznia 2010 r).